Liksom andra bakterier saknar cyanobakterierna avgränsad cellkärna och vid vanlig ljusmikroskopiering är det svårt att hitta avgränsade strukturer inne i cellerna. I levande tillstånd kan deras färg ge ett blågrönt intryck, men inte alltid. Det finns t.ex. arter av cyanobakterier som är röda. Det finns encelliga arter men de flesta bildar flercelliga kolonier eller trådar. Cyanobakterier har en väsentlig funktion i sötvatten eftersom vissa arter har förmåga att utnyttja gasformigt kväve som kvävekälla. Därmed gödslar de i viss mån vattenekosystemet med kväve. Några arter är påtagligt problemskapande eftersom de kan orsaka algblomningar och ibland även producera giftiga ämnen. I sötvatten förekommer cyanobakterier framför allt i plankton men en del koloni- och trådbildande arter förekommer ibland även som påväxt, inklusive på Virtue-skivor.